Один из старейших музеев Сибири. Основан в 1823 г. по инициативе начальника округа Колывано-Воскресенских заводов и томского гражданского губернатора П.К. Фролова при непосредственном участии врача и исследователя Алтая Ф.В. Геблера.

Изначально здание принадлежало купцу В.И. Зубову. Построено было во второй половине XIX века на пересечении ул. Большой Олонской и Сенной площади (сейчас пр. Социалистический, 4), много лет служило в качестве аптеки № 3. А когда в 1980-е гг. вблизи здания строили дорогу, то бывший купеческий дом не снесли, а перенесли на новое место — на пр. Красноармейский, 28. Его нынешний облик несколько отличается от первоначального.

Сегодня в этом здании располагаются экспозиции музея, посвященные современной природе Алтайского края, истории региона с периода древности до начала XX века, культуре и быту местного населения, культурно-просветительский и научно-методический отделы.