Елена Фабиановна считается основательницей этой уникальной школы. Средняя из пяти сестер, ее называли самой решительной. Она и возглавила в 1895 году семейное дело. Тогда еще не было отдельно взятых ступеней: школы, училища, института. Был педагог и его ученик, из которого старались вырастить музыканта — художественную личность.

Еще будучи ученицами Московской консерватории, Евгения и Елена общались с Рахманиновым, Скрябиным, Бузони. Выросшие в семье, где отец Фабиан Осипович горячо любил музыку, а мать Белла Исаевна училась оперному пению у польского композитора Станислава Монюшко, сестры Гнесины без музыки свою жизнь не представляли. Организовывали домашние музыкальные собрания, которые славились экспромтами: Елена как-то приготовила для Сергея Рахманинова вышитую гладью подушку со своим музыкальным автографом — нотами ми, фа, соль. В благодарность удостоилась музыкального экспромта в три такта, написанного на эти три ноты.

В такой милой душевной обстановке и открылось в Гагаринском переулке «Музыкальное училище Е. и М. Гнесиныхъ». Идею поддержал учитель Евгении и Елены Василий Сафонов, директор Московской консерватории.
А слова музыкального критика Николая Кашкина, друга Чайковского и Рубинштейна, оказались пророческими: «Смело беритесь за дело и организовывайте школу, это очень подходит вашей дружной семье, имеющей такое исключительно удачное сочетание музыкально всесторонне образованных и одаренных личностей. Сперва у вас будет 30 учеников, потом 60, а затем — 100!» Но впоследствии счет шел на тысячи.

Елена, Евгения и Мария Гнесины стали первыми преподавательницами. После переезда в 1900 году на Собачью площадку, дом 5, обучение перестало быть сугубо семейным делом. Подключились не только младшие сестры Елизавета, Ольга, брат Михаил, но и выпускники консерватории.

Старейшие отделы училища — фортепиано и струнных инструментов. Постепенно к обучению игре на музыкальных инструментах добавляются новые дисциплины: гармония и энциклопедия, сольфеджио и элементарная теория, хор и ансамбль. Программа создается с чистого листа, как и многие этюды и пьесы. Их для учеников пишет сама Елена Фабиановна. Первые педагогические опыты и стали основой системы русской «гнесинской» музыкальной педагогики.

После революции открывается вокальный отдел с преподавателями — солистами Большого театра. Старшая ступень школы становится музыкальным техникумом, дополняет систему образования вуз.

У руля всего этого уже большого комплекса музыкальных заведений Елена Гнесина — директор, художественный руководитель, профессор — находилась семьдесят два года. Гнесинка обрастала новыми зданиями и концертными площадками. Но Елена Фабиановна оставалась верна своему принципу в работе с учениками: главное — видеть в них индивидуальность. Любила заниматься не в кабинете, а в своей квартире, куда можно было приходить без предупреждения. Именно она разглядела в Хачатуряне, игравшем в 19 лет на трех музыкальных инструментах, но не имевшем начального музыкального образования, дар Божий. Арам Хачатурян поступил в Гнесинку благодаря Елене Фабиановне. А Микаэл Таривердиев и Алексей Рыбников были учениками уже гениального композитора.

В Гнесинке всегда умели разглядеть талант и взрастить его. Лев Оборин в 20 лет стал мировой знаменитостью благодаря победе в I Международном конкурсе пианистов имени Ф. Шопена в Варшаве. Здесь учились Евгений Светланов, Людмила Зыкина, Евгений Кисин, Владимир Федосеев, Любовь Казарновская, Иосиф Кобзон, Петр Дранга. И еще тысячи и тысячи музыкантов, чьи громкие имена теперь значатся на музыкальных учебниках, программах и концертных афишах.