Музей истории Томска располагается на южном мысе Воскресенской горы, где в 1604 году была возведена Томская крепость и началась история города. Музейные коллекции составляют более 6 000 единиц. Некоторые уникальные экспонаты из археологической коллекции обнаружены во время раскопок на территории, прилегающей к музею. Среди них — печатные изразцы, на которых изображено уникальное фантастическое существо — Динотерий. Дивный зверь стал символом музея. Все эти экспонаты можно увидеть в залах музея.

Благодаря богатству и разнообразию музейных фондов стало возможным существование постоянных историко-краеведческих экспозиций «Русский острог и город на Томи XVII–XVIII вв.», «Томск купеческий и просвещенный XVIII–XX вв.», «План-панорама Томска первой четверти XX в.», создание ежегодных тематических выставок, посвященных памятным датам в истории страны и отдельным аспектам истории города.

Музей располагается в здании, построенном в 1859 г. специально для Полицейской управы, на крыше здания в XIX веке располагалась пожарная каланча. В настоящее время каланча воссоздана и является единственной в Томске оборудованной смотровой площадкой, откуда открывается прекрасный вид на город.