Байкальский музей расположен в 70 км от г. Иркутска на живописном берегу озера у истока реки Ангары.

Музей имеет давнюю историю, которая восходит к демонстрации гидробиологических коллекций на Байкальской лимнологической станции Академии наук (20-е–50-е г. г.). В начале 60-х г. г. при Лимнологическом институте СО АН СССР была создана музейная экспозиция. Президиум Сибирского отделения РАН, понимая, что музей может стать центром сосредоточения и сохранения материальных свидетельств и научных знаний о самом глубоком озере планеты, выделил в 1993 году Байкальский музей из состава Лимнологического института в самостоятельное научное подразделение, передав ему здание института на Байкале.

Музей выполняет две миссии: научно-исследовательскую и образовательно-просветительскую. Основное научное направление работы музея — исследование особенностей эволюции экосистемы Байкала. В музее работают известные в своих областях ученые: ихтиологи, паразитологи, орнитологи, фитопланктонисты.
Различные экспозиции музея представляют разнообразные аспекты байкальской лимнологии.