Учреждение создано 17 января 1972 года для организации деятельности музыкальных коллективов и проведения концертов.

Ансамбль песни и танца народов Севера «Энэр» создан в 1980 году как самодеятельный ансамбль студентов учебных заведений города Магадана, а с 1997 года за большие творческие успехи переведен в Магаданскую областную филармонию как профессиональный коллектив. Большую образовательно-просветительскую работу ансамбль проводит в дошкольных учреждениях города и области. Посредством танца и песни артисты ансамбля знакомят маленьких колымчан с бытом и традициями коренных жителей северного региона. Участие ансамбля в традиционных национальных праздниках «Хебденек» и «Багалдыдях» придает яркость, колорит, привлекает внимание и обеспечивает значительное число зрителей. «Энэр» — лауреат премии Магаданского комсомола, лауреат всесоюзных, всероссийских и международных фестивалей и конкурсов в Японии, Германии, США, Франции, Канаде, Польше, Швеции, Румынии; является победителем конкурса «Самара-93» среди профессиональных коллективов СНГ и России; обладатель золотой медали культурной программы «Зимних Арктических игр» в Канаде, обладатель Гран-при в г. Владивостоке на фестивале малочисленных народов Севера, Сибири и Дальнего Востока; участник торжеств и праздников, организованных Министерством культуры РФ и Государственным Российским Домом народного творчества в Москве, Санкт-Петербурге, Хабаровске, Томске, Норильске и других городах России.

Магаданский Русский оркестр — коллектив был создан группой энтузиастов в 1996 году на базе студенческого оркестра училища искусств по инициативе преподавателей, опытных музыкантов-исполнителей, когда культура области переживала едва ли не худшие в истории времена. Магаданский проект оказался удачным, благодаря стечению обстоятельств и целеустремленности его создателей. В состав оркестра вошли учащиеся старших курсов народного отделения училища искусств и преподаватели как училища, так и музыкальных школ. В 1997 году оркестр вошел в состав Магаданской областной филармонии, и появилась возможность выступать перед жителями области. Оркестр использует в своих программах произведения народной музыки, написанные выдающимися композиторами: Чайковским и Балакиревым, Римским-Корсаковым и Лядовым; включает народные мелодии в концерты, с интересом подходит к обработкам народных мелодий, симфониям, опере, опереттам, балету, романсам русских и зарубежных композиторов. Магаданский Русский оркестр считается музыкальной жемчужиной и визитной карточкой территории региона. Его представляют гостям области, приглашая на концерты, организованные по особым поводам.

В 2019 году в Магадане появился виртуальный концертный зал на 170 мест, который позволит колымчанам посетить лучшие концертные площадки страны, не выезжая из столицы Колымы. Грант 5,6 млн руб. на создание виртуального концертного зала выиграла Магаданская областная филармония. Конкурсный отбор проводило Министерство культуры России. Сеть площадок, которые предоставляют доступ к мировым ценностям жителям отдаленных регионов, — это часть национального проекта «Культура».