Поскольку современный город Ростов-на-Дону объединяет два ранее самостоятельных города Ростов-на-Дону (основан в 1749 году) и Нахичевань-на-Дону (основан в 1779 году), было принято решение о создании Музея русско-армянской дружбы, который долгое время располагался в церкви монастыря Сурб-Хач. В 2011 году музею передано новое здание, его официальное открытие состоялось 25 ноября 2011 года.

В настоящее время этот отдел музея расположен в двухэтажном особняке купца М. Искидарова, являющемся памятником архитектуры. На втором этаже находится экспозиция «Новый приют на Донской земле», посвященная истории переселения армян из Крыма на Дон в 1779 году, формированию Ново-Нахичеванской колонии и истории города Нахичевани-на-Дону. На первом этаже музея расположены выставочные залы с постоянно меняющимися выставками изобразительного и декоративно-прикладного искусства.