Историко-археологический музей-заповедник «Фанагория», основанный в 2014 году, расположился на территории археологического памятника — на руинах античного города, который просуществовал более 1 500 лет и, предположительно, погиб в результате вражеского нашествия.

Уникальность места, где расположился музей-заповедник, заключается в том, что территория археологического памятника практически полностью свободна от современных построек, благодаря чему есть возможность как сохранять целостность природно-ландшафтной историко-культурной среды, так и проводить академические экспедиции, продолжая многолетние исследования истории древнего города.

Коллекция уникальных артефактов, обнаруженных во время раскопок Фанагории и ее округи, рассказывает о жизни греческих поселенцев на территории нынешней России и о событиях, происходивших здесь в античную и средневековую эпохи, а руины древних построек, сохранившиеся до наших дней, позволяют не только представить древнее прошлое, но и лично почувствовать причастность к ходу мировой истории.