Первый в России музей наивного искусства был основан в 1998 году на базе Музейно-выставочного центра «Истоки» как Муниципальный музей Восточного административного округа г. Москвы. С 2003 года — Государственное учреждение культуры г. Москвы «Музей наивного искусства». С 2012 года — Государственное бюджетное учреждение культуры города Москвы.

Музей является единственным в России государственным музеем, в задачу которого входит популяризация наивного искусства и творчества аутсайдеров, сохранение произведений отечественных наивных художников, а также развитие и укрепление межрегиональных и международных контактов наивных художников, художников-аутсайдеров и любителей наивного и маргинального искусства. Учреждение ведет активную выставочную деятельность, научную и популяризаторскую работу — проводит научные конференции, занимается исследовательской и издательской деятельностью. Раз в три года проводит международные фестивали наивного искусства и творчества аутсайдеров.

Музейный фонд включает в себя коллекцию живописных и графических произведений, декоративно-прикладного произведений искусства, а также уникальную коллекцию деревянной скульптуры. В музее хранятся произведения, переданные исследователями и собирателями известными наивного искусства (Н. С. Шкаровской, И.И. Стин и др.). Плановыми направлениями работы по пополнению коллекции являются приобретение произведений современных художников и классиков наивного искусства, формирование и пополнение коллекции концептуальных блоков.