В 1958 г. музей получил помещение по ул. Советов, 58. Здесь 16 сентября 1960 г. была торжественно открыта в 10 залах экспозиция «История города Новороссийска» и диорамный триптих «Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков, 1943 г.». Экспозиция рассказывает об истории города Новороссийска и его района.

Для привлечения и удовлетворения разнообразных интересов посетителей музей ведет большую выставочную деятельность, сотрудничая с другими музеями, выставочными центрами, фотографами, союзами художников, коллекционерами и другими организациями, поэтому один из залов отдан под временные выставки.

Большой популярностью пользуются выставки из фондов музея-заповедника, которые дополняют основную экспозицию и дают возможность познакомить посетителей с редко экспонируемыми музейными предметами.

Расположенное в центре города недалеко от набережной, здание музея-заповедника является основной площадкой проведения мероприятий международной акции «Ночь музеев».