Музей деревянного зодчества создан в качестве отдела Томского областного художественного музея. Размещается в бывшем особняке гражданского инженера А.Д. Крячкова, внесшего значительный вклад в формирование архитектурно-художественного облика Томска. Здание музея — памятник деревянного зодчества федерального значения, представляющий собой один из ярких образцов модерна.

В мае 2009 года торжественно открыта постоянная экспозиция музея, которая представлена в залах по этапам развития истории деревянного строительства и архитектурного декора. В основе экспозиций — многочисленные деревянные фрагменты домов, в основном наличники окон, пилястры, карнизы и другие образцы резного декора. Вниманию посетителей предлагаются выставки работ мастеров по художественной обработке дерева.

В основе экспозиций лежит коллекция Музея деревянного зодчества. На первом этаже здания расположен зал «Русская изба» и представлены экспозиции коллекций «Плотницкие инструменты» и «Печное литье».