Основные музейные коллекции представлены в архитектурном ансамбле XVI–XIX веков бывшего Спасо-Преображенского монастыря, который в 2005 году включен в Список всемирного наследия ЮНЕСКО в составе исторической застройки Ярославля. На территории музея сосредоточены древнейшие сохранившиеся сооружения всего города с тысячелетней историей.

В летний период гости музея могут посетить единственную в городе смотровую площадку в исторической части — на высоте 32 метров на верхнем ярусе звонницы.

Ярославский музей-заповедник обладает собранием свыше 350 000 единиц хранения, которые отражают историко-культурное и природное наследие Ярославской земли и истории России.

Музей гордится коллекцией рукописных и печатных книг XII–XX веков, по своей научной и культурной значимости не имеющей аналогов в русской провинции. Особое место занимают 15 рукописных книг на пергаменте. В собрании музея — сокровища ризниц ярославских монастырей и храмов, вклады царей, изделия лучших ювелирных мастеров Средневековья, произведения драгоценного лицевого и орнаментального шитья и результаты археологических исследований региона.

На территории музея расположены основные экспозиции: естественно-научная, историческая, сокровищница Ярославля, а также уникальная экспозиция «Слово о полку Игореве — выдающийся памятник древнерусской культуры».

Сегодня музей проводит музыкальные фестивали, выставки, экскурсии и другие мероприятия.