Новосибирский театр кукол был создан 1 сентября 1933 года как студия кукольников при Новосибирском ТЮЗе. Основатели — режиссер М. Кисец и актриса Р. Ландис. В мае 1934-го состоялся показ первого спектакля «Петрушка в гостях у школьников». Репертуар сразу складывался разнообразно: спектакли делились на театр Петрушки (с перчаточными куклами) и марионеточный (с куклами на нитках).

В 1936-м театр получил самостоятельность, отделившись от ТЮЗа. Возглавил его режиссер Ю. Виноградов.

Осенью 1941 года в Новосибирск из Москвы был эвакуирован театр кукол под руководством С. Образцова. Сформировалась объединенная труппа, которая самоотверженно трудилась в прифронтовой зоне, поддерживая советских солдат. С июля 1942-го по август 1945-го Новосибирский театр был филиалом театра С. Образцова.

Важной вехой стало успешное проведение в 2019 году I Международного фестиваля театров кукол «Перекресток». В нем приняли участие 14 российских и иностранных коллективов.

С 1964 года в театре функционирует музей, проводятся экскурсии. С 1999-го театр располагается в памятнике архитектуры регионального значения — бывшем городском начальном училище, возведенном в 1912 году (архитектор — А. Крячков).

С 2018 года издается специальный журнал для семейного чтения «Жаконя». В 2019-м выпущена первая книга о театре «Мир кукол: история, сказки мечты» (автор-составитель — Н. Дмитриева).

Сегодня Новосибирский театр кукол продолжает планомерное развитие и является одним из ключевых учреждений культуры города.