Сургутский краеведческий музей является одним из старейших учреждений культуры города. В 1963 году был открыт музей на общественных началах. Его основатель — ветеран Великой Отечественной войны и труда, почетный гражданин города Сургута, заслуженный работник культуры РСФСР — Показаньев Флегонт Яковлевич. Долгие годы музей располагался в деревянном доме, который принадлежал сургутскому торговцу и меценату Галактиону Степановичу Клепикову (ул. Просвещения, д. 7).

С 1997 года музей возглавляет Марина Юрьевна Селянина. В 1999 году музей переехал в новое трехэтажное здание Музейного центра, где занимает 1 и 2 этажи.

11 июня 2005 года состоялось открытие Дома купца Клепикова А. Г., ставшего первым структурным подразделением краеведческого музея. Это единственный в Сургуте памятник истории и архитектуры конца XIX века, сохранившийся на своем историческом месте. В экспозиции купеческого дома представлены интерьерные зарисовки городского быта конца XIX — начала XX века; Дом Г.С. Клепикова — объект культурного наследия (памятник истории и культуры) народов Российской Федерации.

Под руководством Селяниной М.Ю. Сургутский краеведческий музей вошел в когорту крупнейших музеев Югры.