В состав музея-заповедника входят: музей-усадьба «Михайловское» — имение матери поэта; музей-усадьба «Тригорское» — имение друзей поэта Осиповых и Вульфов; музей-усадьба «Петровское» — имение прадеда поэта; музей «Пушкинская деревня», музей «Мельница в д. Бугрово»; Научно-культурный центр с фондохранилищем и Центр творческих музейных программ.

Заповедные усадьбы, парки, «зеленый скат холмов», «озер лазурные равнины», «дорога, изрытая дождями», «холм лесистый», «пруд под сенью ив густых» — здесь все откликается пушкинским словом. На территории заповедника находятся старинные городища IX–XIV веков: Воронич, Савкина горка, Врев, Велье.

В музее-заповеднике ежегодно отмечаются памятные даты, связанные с жизнью А.С. Пушкина, проводятся российские и международные конференции, выставки, поэтические и творческие встречи, фестивали, праздники.